Pärast seda, kui tähelaeva Enterprise meeskond jõuab tagasi koju, avastavad nad, et nende enda organisatsioonist pärit pidurdamatu jõud on hävitanud suurema osa laevastikust ja kõik, mida see sümboliseerib, paisates meie maailma kriisi keerisesse. Kapten Kirk (Chris Pine), kel on klaarida ka isiklikud arved, juhib ajujahti sõjatsooniks muudetud maailmas, et tabada see elav massihävitusrelv (Benedict Cumberbatch). Meie kangelased kistakse eepilisse malemängu elu ja surma peale. Armastus pannakse proovile, sõprussidemed purunevad ja tuuakse ohvreid, et päästa ainus perekond, mis on Kirkile jäänud: tema meeskond.