"Avatar" on lugu endisest mereväelasest Jake Sully'st, kes sai vigastada lahingus ja on halvatud vööst allpool. Ta otsustab osaleda Avatari programmis, mis peaks andma talle tagasi terve keha. Ta reisib Pandorasse, külluslikku vihmametsa, mis on täidetud uskumatute eluvormidega - mõned ilusad, mõned hirmutavad. Pandora on koduks ka Na'videle, humanoididele, keda inimesed peavad primitiivseks, aga tegelikult on nad evolustiooniliselt palju rohkem arenenud kui inimesed. Üle kolme meetri pikad, sabadega ja läikiva sinise nahaga, elavad Na'vid harmooniliselt oma maailmas. Kui aga inimesed hakkavad Pandorat kahjustama, et leida väärtuslikke mineraale, ohustab see Na'vide elu, ja nad on sunnitud näitama oma sõjalisi võimeid.

Jake on sunnitud osa võtma sellest sissetungist Pandorasse. Kuna inimesed ei saa hingata Pandora keskkonnas on nad loonud hübriidid, Avatarid, pool inimesed, pool Na'vid. Avatarid on elavad ja hingavad kehad Pandoras, keda kontrollivad inimesed tehnoloogia abil, mis ühendab Avatari meelt inimese omaga. Pandoral, oma Avatar kehas, saab Jake olla kes ta on, ta saab tagasi oma keha. Lisaks sellele armub ta noorde Na'visse, Neytiri, kelle ilu on võrdne naise sõjaoskustega. Kui Jake'i hakatakse järjest rohkem Neytiri klannis omaks võtma, leiab ta end kahe maailma vahelt - ta peab valima poole suures sõjas, mis otsustab terve maailma saatuse.