„Andreas Kakssilm ja Lohekoopa saladus“ on lugu paljust, kuid kõige rohkem on see lugu kolmest sõbrast, kes põgenevad kodumaalt ning hakkavad merd sõitma. Nad ei kuuletu kellelegi ning sõidavad ise oma lipu all. Allumatuse tõttu on nad hakanud mereröövliteks, kuigi ise nad röövimas ei käi. Ka muidu on nad ühed veidrad mereröövlid – hoolivad loodusest ja keskkonnast, on ausad ega laamenda.

Peategelane Andreas käib ettekuulutuse rada, ise seda teadmata. Märkamatult kistakse tema ja terve meeskond hämarasse ja äärmiselt ohtlikku seiklusesse, mis peidab ka müstilist aaret. Aaret aga kaitseb lohe.